Если Вы используете обмен первичной документацией через СДО, то при приеме документов с сервера контрагент передает свой электронный адрес, настроенный в программе, и соответственно на него отправляются файлы с СДО. 
Все документы при отправке контрагенту шифруются на сертификат шифрования получателя и отправляются на сервер СДО.
Доставка документа получателю осуществляется по коду ЕДРПОУ, коду ИНН и номеру филии, если такой используется у получателя.
В случае если используется почтовое соединение, при приеме документов с СДО, получатель передает адрес почты автоматически, при выполнении F9 принятия почты, которая указана в программе для отправки/принятия документов и выполняет их загрузку.

Адміністрування - Параметри системи - Електронна пошта  - по этому пути узнаем имя электронной почты в МЕДКЕ.